第壹，總公司在發放分公司人員工資並代扣個稅後，直接計入總公司成本費用未要求分公司支付的，符合稅法規定，不存在稅務風險。
第二，總公司在發放分公司人員工資並代扣個稅後，再在要求分公司將總公司代發的工資額和代繳的個稅支付給總公司，則又有兩種情況：
壹是如果總公司與分公司由同壹地區的同壹稅務所管轄，也沒有稅務風險；
二是如果總公司與分公司不在同壹地區、或雖在同壹地區但由不同的稅務所管轄，則存在稅務風險，即未按稅法規定的屬地原則納稅，有可能被有管轄權的稅務機關檢查並予以稅務處罰。
人力成本集中在總部核算，對總部利潤沒有影響，但分公司的利潤卻相對增加了，這是企業核算管理問題，沒有風險。