政策法規司:
制定並組織實施依法行政和稅收管理工作計劃；組織協調涉及多個稅種的綜合稅收政策的實施；組織開展綜合性稅收政策研究；組織辦理全國人民代表大會代表的議案和建議以及CPPCC委員的提案；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核，定期進行清理、評估和反饋；承辦局外多稅種、綜合性稅收政策文件工作；牽頭審理重大稅收案件，規範稅務行政審批；承辦稅收規範性文件的備案備查工作；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織反補貼案件的應訴。
征收管理科:
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；研究提出加強稅源管理、完善稅收征管程序的意見和措施；組織制定稅收征管數據管理和應用辦法以及綜合納稅評估辦法；承擔稅收征管質量評估、風險管理和因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控裝置推廣應用等工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。組織實施稅收管理信息化建設規劃和方案；承擔稅務管理信息化建設項目的業務需求建議；組織實施本系統信息技術系統建設的監督驗收。