移植雙根苗的主要缺點是:
(1)抑制了砧木根系的發育,使砧木根系發達、吸收能力強的特點得不到充分發揮。由於親緣關系的影響,接穗葉片制造的養分往往優先供給砧木根系,使砧木根系的養分供給少於正常嫁接苗,不利於砧木根系的旺盛生長和發達根群的形成,使砧木根系發達、吸收能力強的特點得不到充分發揮。(2)接穗根系與土壤接觸,降低或失去嫁接防病效果。由於土傳病害的病原菌對侵染蔬菜的種類有很強的特異性,所以采用嫁接換根栽培法,用砧木根系代替接穗根系,可以有效達到防病栽培的效果。如果種植兩苗,由於接穗根系直接接觸土壤,土壤病菌仍可侵染接穗,使嫁接苗降低或失去嫁接防病功能,不能起到防病栽培的作用。
鑒於以上原因,生產中不宜種植二根苗,尤其是嫁接和防病栽培,應禁止使用二根苗。