首先是稅收制度。
目前跨境電商壹般都是小額外貿，往往利用樣品、廣告，或者個人行郵稅免稅政策來達到避稅的目的。這必然會對各國海關收入產生影響。此外，跨境電商以快遞為主，賣家無法提供報關單，無法享受退稅政策。隨著跨境電子商務規模的日益擴大，如何界定大量小批量物品的屬性成為稅務機關面臨的壹大難題。如果解決不好，也會影響跨境電商的健康發展。
二是消費者權益保護。
現在的跨境電商大部分都是小規模的外貿，負擔不起商檢的費用，所以往往不做商檢。再加上個人郵寄政策比較寬松，壹般沒有嚴格的進出口檢疫，部分進出口產品質量無法保證。壹旦出現假冒偽劣侵權商品，消費者很難通過國際訴訟獲得賠償。
第三是物流時間和成本。
跨境電商與跨境物流密切相關。由於國內跨境物流體系不完善，貨物交付周期長。同時，跨境電商物流耗時較長，容易造成物品損壞甚至丟失。此外，主要依靠空運導致物流成本高。
第四是支付安全問題。
雖然跨境電子商務結算支付方式越來越便捷，但在信息傳遞過程中可能會出現系統故障，導致支付信息丟失，相當壹部分消費者對電子支付的安全性仍不放心。