根據《支付機構外匯業務管理辦法(征求意見稿)》第二條規定，跨境外匯支付業務包括但不限於:貨物貿易、服務貿易、收入和經常項目轉移、直接投資等跨境交易的結算，以及相關的跨境資金結算或結匯業務。
此外，根據《國家稅務總局關於跨境貿易人民幣結算企業出口退稅有關問題的通知》第五條規定，跨境貿易人民幣結算企業申報的出口貨物為跨境貿易人民幣結算的，可按規定直接辦理退(免)稅，無需填寫出口退(免)稅申報表並提供其他相關證明材料或其他憑證。
所以跨境運費代收代付的合規性要看具體情況。如有疑問，建議咨詢專業人士。