1.不同主體:申報跨區域經營活動涉稅事項，登記稅源。這意味著納稅人要履行相應的義務，保證稅務機關能夠掌握其在不同地區的經營情況和稅源信息。跨地區申請人是指營業場所與機構所在地不在同壹地區的申請人。主要用於申請人在經營場所申請相關稅收優惠政策或辦理稅務登記手續。
2.使用規定不同:跨地區稅源登記的目的是規範納稅人在不同地區的納稅申報和稅源管理。納稅人從事跨地區經營活動，應當按照有關規定進行涉稅申報和稅源登記。這樣可以保證稅務管理部門及時獲得各地區納稅人的經營情況和稅源信息，從而進行有效的稅收監管和征收。跨區域稽查申請人是對稽查申請人的壹種稅收管理規定，主要用於稽查申請人營業場所和機構所在地不在同壹區域時的稅收管理。