1個機關黨委辦公室，下設8個縣（市）局：延吉市局、敦化市局、琿春市局、龍井市局、和龍市局、圖們市局、汪清縣局、安圖縣局。全州國稅系統現有幹部1177人，負責全州8174戶國有、集體股份、股份合作、聯營企業，34745戶個體工商業戶和私營企業，以及580戶涉外企業的稅收征管工作。
延邊州國家稅務局負責轄區內納稅人的中央稅、中央與地方***享稅的稅收征管工作。征管範圍包括：增值稅；消費稅；中央企業所得稅；中央級金融保險營業稅；中央與地方所屬企事業單位組成的聯營、股份制企業繳納的所得稅；地方銀行、非銀行金融機構的企業所得稅；2002年1月1日以後註冊的企事業單位繳納的所得稅；外商投資企業和外國企業所得稅；儲蓄存款利息個人所得稅；車輛購置稅；出口退（免）稅等。