企業有紅字發票時，根據規定，企業需按規定逐月申報抵減，網上辦稅平臺對附表壹的第9列、第10列保存時校驗不可為負。申報填寫方法如下：
1、沖減紅字發票後銷售額大於等於零的，納稅人按照現行方式完成納稅申報計算分配應納稅額；
2、沖減紅字發票後銷售額小於零的，納稅人按照“應稅貨物及勞務”和“應稅服務”對紅字發票進行分類，分別沖減“應稅貨物及勞務”和“應稅服務”銷售額，其中小於零的銷售額，進行零申報，當期未沖減完的，下期繼續沖減。因沖減紅字發票導致“壹窗式”比對無法通過的，人工強行比對通過。
3、紅字發票沖減銷售額有余額的，納稅人應填寫紅字發票沖減銷售額臺賬，報主管稅務機關備案，以便下期繼續沖減。
4、如果少繳稅了就要補交稅款，同時要補交滯納金。