1、藍字發票主要用於增值稅稅種，而紅字發票主要用於消費稅稅種。
2、藍字發票是完稅憑證，紅字發票不是完稅憑證。
3、藍字發票的開票要求更高，必須按照增值稅法規定的要求填寫，並具備法定稅務登記證，紅字發票開票要求則較低，可根據購買方的要求填寫，應填寫發票擡頭，稅號，地址等信息。
4、藍字發票可用於企業稅前扣除，紅字發票則不能用於稅前扣除。
5、藍字發票是按照增值稅核算記賬，紅字發票是按照消費稅核算記賬。