林姓最早入閩出現在西晉（266-316年）的“永嘉之亂”，當時中原八姓（林、黃、陳、鄭、詹、邱、何、胡 ）入閩，其中以林姓人口居多。
到了東晉明帝太寧三年（325年），林堅後人林祿，奉命入閩為晉安郡守（今福州），其子孫在晉安郡安家落戶，繁衍生息。由於西晉的“永嘉之亂”入閩的林姓都是有姓無名，因此福建林姓多以林祿為入閩始祖。
接著到了唐總章二年（669年），陳政、陳遠光父子率領河南光州固始籍府兵8000余人進入閩南漳州地區，其中有許多林姓族人。唐朝末年，王審知三兄弟隨王緒率領光州固始籍30000余府兵進入福建，其中也有林氏族人。這兩次是中原地區較大規模的入閩移民。
因此，福建的林氏主要是林祿後裔，陳政父子帶入福建的林氏後裔，以及王審知兄弟開閩時帶來的林氏後裔。雖然在福建整個移民史中，都有零散的林姓族人進入福建，但是這些人都是以零散的方式進入福建，後裔已經無根可尋，因此這些林姓多依托前期入閩的林氏始祖。他們在福建的堂號、郡號有西河、南安、問禮、忠孝、雙闋、九牧等。