是的，耕地占用稅是由地方稅務機關征收的。土地管理部門在通知單位或個人辦理占用耕地手續時，應通知耕地所在地的同級地方稅務機關。獲準占用耕地的單位或個人，應在接到土地管理部門通知之日起30日內繳納耕地占用稅。土地管理部門憑耕地占用稅完稅證明或免稅證明等相關文件，核發建設用地批準書。《土地管理法》第四條國家實行土地用途管制制度。國家制定土地利用總體規劃，明確土地用途，將土地分為農用地、建設用地和未利用地。嚴格限制農用地轉為建設用地，控制建設用地總量，對耕地實行特殊保護。前款所稱農用地，是指直接用於農業生產的土地，包括耕地、林地、草地、農田水利用地、養殖水面等。建設用地是指修建建築物、構築物的用地，包括城鄉房屋和公共設施用地、工礦用地、交通水利設施用地、旅遊用地和軍事設施用地；未利用地是指農用地和建設用地以外的土地。使用土地的單位和個人必須嚴格按照土地利用總體規劃確定的用途使用土地。