二、其次，稅務檢查部門在確定申請納稅人沒有重大的違法行為之後，將檢查報告發回給辦稅服務廳。辦稅服務廳將國稅部門的檢查結果錄入稅收征管系統，之後傳遞到主管的地稅局，並且通知該申請的納稅人將存在的應納稅款、多退(免)稅款和滯納金、罰款等款項全部結清。
納稅人攜帶發票領購簿、未開具的空白發票與稅控設備到辦稅服務廳，窗口工作人員把已經開具的發票驗舊、沒有開具的發票繳銷、收回發票的領購簿和稅控設備，來確保票款兩清無遺漏。
三、最後，部門稅務人員按照國稅、地稅的清稅結果，確認納稅人已結清所有稅務事項之後，把納稅人在稅收征管系統內的信息做註銷處理，並且向納稅人出具《清稅證明》，此證明為壹式三份，納稅人壹份，其可以憑《清稅證明》去辦理工商登記註銷。稅務機關將同時將清稅信息推送到工商、質檢、國稅喝地稅等相關部門的信息***享交換平臺中。