1、偷逃稅問題：面粉加工企業存在偷逃稅的問題，主要表現在虛報銷售額、漏報收入、偷逃稅款等方面。
2、稅收征收難度大：面粉加工行業的生產過程比較復雜，涉及到多個環節和不同的稅種，包括增值稅、所得稅、消費稅等。稅收征收難度大，容易出現漏稅、錯稅等問題。
3、稅收優惠政策執行不到位：面粉加工行業享有壹定的稅收優惠政策，如增值稅小規模納稅人減免稅、出口退稅等，但在實際執行過程中，存在政策執行不到位的問題，影響了企業的正常經營和發展。
4、稅務管理水平不高：壹些面粉加工企業在稅務管理方面存在水平不高的問題，包括財務管理不規範、稅務申報不及時、會計核算錯誤等問題，容易引發稅務風險和納稅爭議。
5、稅收征管信息化水平較低：面粉加工行業稅收征管信息化水平相對較低，導致稅收征管的效率和精度不高，容易出現稅收漏洞和風險。