不能。根據財政部、國家稅務總局《關於明確對查補的稅款不得享受先征後退政策的批復》（財稅字［1998］80號文件）的規定，對福利企業未按規定進行申報，事後被稅務機關查補的增值稅應納稅額，不得按“即征即退”辦法退還給企業，因此民政福利企業有稅務罰款不能退稅。對於稅務機關、財政監察專員辦事機構、審計等執法機關根據稅法有關規定查補的增值稅等各項稅款，必須全部收繳入庫，均不得執行由財政和稅務機關給予返還的優惠政策。
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