牡丹江市國家稅務局於1994年分設成立。目前，全市國稅系統下轄10個縣(市)區國稅局、37個稅務分局、20個稅務所、1個辦稅服務廳（車輛購置稅）。現有在職職工1121人，擔負著28565戶納稅人的稅收征管任務。其中，國有企業709戶、集體企業784戶，外商投資企業和股份制企業397戶、個體私營企業22080戶，其他納稅人4595戶。市局機關內設10個行政科室、2個直屬機構、4個事業單位。