1、納稅評估與稅務稽查的目的不同。
納稅評估主要是通過對納稅人當期稅源真實性的評估，提高納稅人依法履行納稅義務的能力，同時提高稽查選案的準確性。稅務稽查的目的主要是查處偷稅、騙稅等稅收違法行為，保障稅收，促進依法納稅和稅收秩序的好轉。
2、主體和客體不同。
納稅評估主要是由基層稅務機關的稅源管理部門和稅收管理員負責；客體主要是指當期管理範圍內的所有納稅人、扣繳義務人的納稅活動。稅務稽查由稅務稽查局負責，主體簡單明確；客體針對性較強，主要指有偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅和抗稅等稅收違法嫌疑的納稅人或扣繳義務人的各項活動。
3、工作程序和工作地點不同。
納稅評估的程序是，確定對象—實施分析—詢問核實—評估處理—反饋建議和維護更新稅源管理數據，這決定了納稅評估壹般在稅務機關辦公場所開展。稅務稽查的程序要復雜得多，壹般在稅務機關辦公場所和稽查對象現場開展。
4、具體作用不同。服務是納稅評估的職能，懲處、威懾和教育是稅務稽查的職能。稅務稽查主要通過懲處等打擊性措施起到執法作用。納稅評估是稅收管理的第壹道防線，稅務稽查是最後壹道防線。