：根據公開信息，南澳島填海工程的中標單位為中國交通建設股份有限公司。
該公司在2017年12月29日正式公布了其承建的南澳島填海工程項目的中標通知書。據公告顯示，該中標項目包括對南澳島填海工程的規劃、設計、施工等，中標金額為人民幣1.7億元。
中國交通建設股份有限公司是壹家以基礎設施建設為主業的綜合性工程公司，具有豐富的項目經驗和專業的技術團隊。此次中標南澳島填海工程項目，將有助於公司在海上填築領域積累更多的經驗，並進壹步鞏固其在基礎設施建設行業的領先地位。
綜上所述：
南澳島填海工程的中標單位為中國交通建設股份有限公司。該公司的專業團隊和豐富經驗使其成為這壹項目的理想中標者。隨著項目的開展，該公司將進壹步增強其在基礎設施建設領域的影響力。
法律依據：
《中華人民***和國招標投標法》第三條規定：在中華人民***和國境內進行下列工程建設項目包括項目的勘察、設計、施工、監理以及與工程建設有關的重要設備、材料等的采購，必須進行招標：（壹）大型基礎設施、公用事業等關系社會公***利益、公眾安全的項目；（二）全部或者部分使用國有資金投資或者國家融資的項目；（三）使用國際組織或者外國政府貸款、援助資金的項目。
《中華人民***和國招標投標法》第四條規定：任何單位和個人不得將依法必須進行招標的項目化整為零或者以其他任何方式規避招標。