該校1981年升格為南京糧食經濟學院，1993年更名為南京經濟學院。1999年，南京物資學校並入南京經濟學院。2000年，江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理幹部學院並入。2011年，江蘇省人民政府與國家糧食局簽約***建南京財經大學。
擁有仙林、福建路和橋頭3個校區，占地面積3005畝，校舍建築面積95余萬平方米；設有教學學院（部）18個，民辦本科學院1個；擁有應用經濟學博士後流動站1個，“現代糧食流通產業發展與政策”博士人才培養項目1項，碩士學位授權壹級學科12個，碩士專業學位授權點9個，本科專業46個。
2019年1月25日，南京財經大學2016級會計學研究生黨支部被教育部遴選為研究生樣板黨支部。
院系專業
設有經濟學院、國際經貿學院、金融學院、財政與稅務學院、會計學院、工商管理學院、營銷與物流管理學院、管理科學與工程學院、法學院、食品科學與工程學院、信息工程學院、馬克思主義學院、公***管理學院、新聞學院、外國語學院、藝術設計學院、應用數學學院、體育部等18個教學院系（部），1個公有民辦二級學院南京財經大學紅山學院。設有38個本科專業和會計、烹飪工藝等專科專業。