1905年（清光緒31年）始設湯原縣時，南岔歸其管轄。
1946年（中華民國35年）南岔屬湯原縣第五區。
1952年12月南岔屬伊春縣第二區。
1955年9月12日，南岔（二區）改稱南岔鎮。同時浩良河鎮（村級）從南岔劃出，另行組建浩良河區。
1957年11月南岔鎮改稱南岔區，隸屬伊春市。
1960年3月南岔區改稱南岔人民公社。
1962年12月復稱南岔區。
1964年8月17日根據伊春特區人民委員會《關於南岔區與南岔林業局合並的批示》，同年10月，南岔區與南岔林業局實行政企合壹體制，隸屬伊春特區和伊春林業管理局。
1968年1月27日，經伊春市革命委員會批準成立南岔區革命委員會。
1969年10月撤銷浩良河區並入南岔區。
1980年4月，撤銷南岔區革命委員會，成立南岔區人民政府。隸屬黑龍江省伊春市。