南京市國稅局下設4個正處級稽查局，即稽查局、第壹稽查局、第二稽查局、第三稽查局；五縣（區）局保留稽查局為其直屬單位，其中溧水縣國稅局、高淳縣國稅局稽查局為副科級單位，江寧區國稅局、六合區國稅局、浦口區國稅局稽查局為正科級單位。
集中稽查新格局初步建立後，在案源的選擇和分配上，采取上下結合，指定與自選相結合的辦法。案件審理上，各稽查局單獨成立案件審理委員會。個案查補稅款50萬元以上，及上級交辦、督辦的專案，跨區域性案件的審理，由市國稅局分管局長及各稽查局主要負責人組成專門審理委員會審理。百萬元以上案件，仍由市國稅大要案審理委員會選擇審理。在舉報案件管理上，市稽查局和三區兩縣設立舉報中心。市國稅局各稽查局查處偷、騙、抗稅以及虛開發票案件，凡達到移送公安機關追究刑事責任的，均由市國稅局稽查局牽頭、定期統壹向公安局經偵支隊辦理移送手續，需立即移送的特殊案件，可隨時提請市稽查局聯系、組織移送。三區兩縣需移送案件，仍各自向所在地公安機關移送。