(1)信息中心
組織本系統信息化建設的規劃和實施；組織本系統信息基礎設施的建設管理和運行維護；負責本系統應用軟件的開發；負責本系統的信息安全管理和實施；負責本系統的數據集中處理、分析和應用；負責信息化建設管理制度的制定和實施；負責本系統稅收管理信息化建設項目的立項、技術標準、資金安排等工作；承擔金稅工程及相關信息系統推廣應用的技術工作；承擔本系統稅收管理信息系統的運行維護；承擔本系統的信息技術服務、技術支持和技術保障。
(2)代理服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務，制定機關後勤事務的具體工作制度並組織實施；承擔辦公用品的采購、保管和發放，承擔除計算機設備以外的固定資產的實物管理；參與機構後勤系統的改革；檢查和指導本系統的後勤服務。
(3)票務中心
承辦稅票(含車輛購置稅票)、增值稅專用發票、普通發票和稅務登記證的入庫、保管和發放工作；協助編制稅收票證的印制和發放計劃，定期報告票證的收、發、存情況。