壹是《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知》(2008年第081號)規定，增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的抵扣率抵扣增值稅進項稅額。所以各超市可以根據合作社開具的普通發票計算進項稅抵扣。
二是《增值稅暫行條例實施細則》第三十六條規定，納稅人銷售貨物或者應稅勞務實行免稅的，可以放棄免稅，按照規定繳納增值稅。放棄免稅後，36個月內不得再次申請免稅。所以合作社為了取得專用發票的使用權，也可以放棄免稅。
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