莆田市地方稅務局機關內設11個科室（辦公室、稅政壹科、稅政二科、法規科、信技科、監察室、計財科、人教科、機關黨委、征管科、規費科），下轄3個正科級直屬單位(市局直屬分局、稽查局、湄洲分局)、5個正科級縣區局（仙遊縣局、荔城區局、城廂區局、涵江區局、秀嶼區局）、40個副科級分局、5個縣區局稽查局、6個股級稅務所。