七輪三脈打通的順序如下：
三脈是中脈和左、右二脈。軍荼利瑜伽認為中脈起自脊尾的海底輪，經過脊髓，上達頭頂的頂輪。左右二脈則起自左右二睪丸，分別沿中脈的左右邊向上行，至臉部時，分別經過左右鼻孔；其間在海底輪、心輪、眉間輪三度與中脈交會。
近人陳健民以為中脈不在脊髓，而在身體的正中，約於前額發際向上四指處，如是筆直而下，直至臍下四指處。左右二脈則分別起自左右鼻孔，直上腦際而下，與中脈平行，至臍下四指處與中脈會合，中間則無交會。
七輪是中脈內七個重要的中心點，軍荼利瑜伽認為七輪是連系我識、色界身、欲界身及肉身此四種不同素質的機構。這七輪平日為吾人的習氣與煩惱障所遮蔽，若能把蟄藏於海底輪的軍荼利鼓起，循中脈上升至頂輪，將七輪的障礙物完全凈化，則吾人的知覺能立即伸展至欲界、色界、無色界，以全知全覺往來其間，而不受時空的限制。
西藏密教也主張各輪開發皆具有特別的功德。
七輪由下而上，依次為海底輪、生殖輪、臍輪、心輪、喉輪、眉間輪、頂輪。每輪均由中心點伸出支脈，狀如蓮華。
海底輪在脊柱下之基處，肛門二指之上、生殖器二指之下。此輪為基礎輪，軍荼利在此睡眠；軍荼利在此輪中供給所有余輪的精神與力量。海底輪，其色黃，有四葉瓣。