1、級別不同
企業代碼屬於組織機構代碼中的壹種，組織機構代碼包含機關、事業單位、社會團體及其他依法成立的機構代碼。
2、保留狀態不壹樣
組織機構代碼現已不存在。2016年10月18日，由國家質量監督檢驗檢疫總局發布《國家質量監督檢驗檢疫總局關於修改和廢止部分規章的決定》（總局令第184號），正式廢止組織機構代碼管理辦法。組織機構代碼在優化營商環境改革中退出了歷史舞臺。
企業代碼依然存在。新辦企業申請企業代碼，需持企業法人執照、法人身份證復印件、公司公章，到質量監督管理局辦理。
擴展資料：
出口企業在主管海關辦理《自理報關單位註冊登記證明書》取得的10位編號；對出口企業來說，企業代碼是非常重要的，它是出口企業報關、收匯核銷、出口退稅的紐帶，是退稅機關審核、統計、檢查出口退稅業務的重要編號。
企業變更在變更公司名稱、地址、法人、經營期限時需要變更企業代碼，需持以變更的企業法人執照、最新變更通知書、公章。企業註銷時在稅務登記證和執照註銷後需要先登報公示，在憑所登報紙和稅務、工商註銷通知書，辦理企業代碼註銷。
百度百科-組織機構代碼
百度百科-企業代碼