增值稅憑證異常是財務合作夥伴的常見問題。38號公告第三條規定，增值稅壹般納稅人取得的增值稅專用發票納入異常憑證範圍的，可以分三種情況處理。
情況1:
對於異常憑證計入進項稅額的納稅人，暫不抵扣未抵扣的異常憑證，應轉出已抵扣的進項稅額。
情況2:
對使用異常憑證辦理出口退稅的納稅人，尚未退稅的異常憑證暫停辦理出口退稅，已經退稅的應補繳退稅款。
情況3:
納稅人使用異常憑證抵扣消費稅的，參照增值稅處理辦法，即暫不抵扣未抵扣的異常憑證，抵扣應抵扣的消費稅或者補繳消費稅。
同時，38號公告為取得非正常憑證的納稅人提供了壹種稅收減免手段。納稅人對異常憑證的認定有異議的，可以向主管稅務機關申請核實。經審核符合有關規定的，可繼續申報抵扣、申請出口退稅或申報消費稅抵扣。
特別需要註意的是，對於取得異常憑證並已申報增值稅抵扣、出口退稅或消費稅抵扣的納稅信用A級納稅人，可在接到稅務機關通知之日起10個工作日內及時申請核定。如果真的符合相關規定，可以不轉出進項稅，收回已退稅款，抵扣消費稅，充分體現了稅收抵免的價值。