1、兩者適用的征收對象不同：企業所得稅a類年度申報表適用於查賬征收方式下的企業所得稅納稅人；企業所得稅b類年度申報表適用於核定征收方式下的企業所得稅納稅人。
2、兩類申報表所需填寫的數據不同：企業所得稅a類年度申報表要求納稅人填寫營業收入、營業成本、利潤總額、不征稅收入、免稅收入、彌補以前年度虧損等事項。企業所得稅b類年度申報表要求納稅人填寫收入總額、不征稅收入、免稅收入、稅務機關核定的應稅所得率等事項。
在企業所得稅稅前扣除的問題上，填寫企業所得稅a類年度申報表的納稅人可以進行稅前扣除的工作；而填寫企業所得稅b類年度申報表的納稅人則壹般不可以進行稅前扣除的工作。