1、額外成本和復雜性：代發工資需要額外投入人力資源和財務部門的時間和精力來處理相關事務，包括與第三方支付機構或銀行合作、管理薪酬數據。這些過程會增加企業的運營成本並引入壹定的風險。
2、稅務合規問題：代發工資涉及稅務合規問題，如果企業沒有按照規定進行稅務申報和繳納，會面臨稅務風險和罰款。