納稅人自匯算清繳稅款之日起三年內發現的，可以請求稅務機關退還多繳稅款並加計銀行同期存款利息，稅務機關及時核實後應當立即退還；涉及退庫的，應當依照有關國庫管理的法律、行政法規的規定退還。因稅務機關的責任造成納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關可以要求納稅人、扣繳義務人在三年內補繳稅款，但不得收取滯納金。納稅人、扣繳義務人因計算錯誤未繳或者少繳稅款的，稅務機關可以在三年內追繳稅款和滯納金。特殊情況下，恢復期可延長至五年。對偷稅、抗稅、騙稅的，由稅務機關追繳未繳或者少繳的稅款、滯納金或者騙稅款，不受前款規定期限的限制。
稅務機關行使稅收征管法第五十四條第(壹)項職權時，可以在納稅人、扣繳義務人的營業場所行使職權；必要時，經縣級以上稅務局(分局)局長批準，可以將納稅人、扣繳義務人以前會計年度的賬簿、會計憑證、報表及其他有關資料調回稅務機關檢查，但稅務機關必須向納稅人、扣繳義務人開具繳款清單，並在3個月內全部退還；在特殊情況下，經設區的市、自治州以上稅務局局長批準，稅務機關可以調取納稅人、扣繳義務人當年的帳簿、記帳憑證、報表和其他有關資料，以備檢查，但必須在三十日內交還。