企業自查補稅需要罰款。
《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十二條規定：納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。
其中並未規定納稅人滯繳納稅款的原因，這也就意味著，只要納稅人在本質上構成稅款滯納行為，那麽就必須按照規定加收稅收滯納金。因此，對納稅人來說，自查查補的稅款也必須繳納滯納金。
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對納稅人自查補稅的，由稅務機關在核實納稅人自查情況的前提下，對沒有觸犯刑法的，依法對納稅人予以從輕行政處罰，對觸犯刑法的，由司法機關認定為壹般自首，依法對納稅人從輕或減輕刑事處罰。
合法性是稅務工作規程存在的基礎。稅法的基本原則之壹，就是稅收法定原則。在國家稅收法律法規已經明確的情況下，稅務機關不得擴大解釋，更不得違反。