1、合同與發票不匹配：稅務審計中，發現合同約定與發票內容不匹配，會引發稅務爭議和糾紛，增加企業的稅務風險。
2、涉嫌違規操作：根據相關規定，納稅人在開具發票時，需要根據合同內容以及貨物的實際情況來開具，開具的發票與實際業務不符，會被認為是不當行為，從而面臨稅務處罰。
3、影響稅收減免和稅收優惠：乙方開出9%稅率發票給甲方，甲方申報稅款時使用13%的稅率，會導致乙方的稅收減免和稅收優惠等受到影響。