1.營運資金短缺的風險。所謂運行經費短缺，是指氣象部門縣級預算單位在年度工作運行中缺乏運行經費的財政現象。
2、違規使用預算資金的風險。
3.國有實物資產管理不規範的風險。
4.內部控制失效風險、內部控制制度不完善、制度執行不到位是縣級預算單位財務風險最直接的原因。
5、法律意識淡薄，容易出現公職人員貪汙挪用公款的現象。