軍事保衛科是指負責保衛工作的部門(保衛科、處、科等。)設在師級以上軍事單位的政治部，負責軍隊內部的保密和安全保衛任務。包括負責首長安全、處理軍事機密泄露、配合國家安全部執行維護國家安全任務等特殊任務。
軍事安全科是指軍事人員違反職責和刑法的刑事案件，以及處理涉及軍隊和地方當局的刑事案件的部門。