其《知識產權基本問題研究》和《無形產權制度研究》是知識產權領域公認的具有影響力和權威性的著作，分別獲得首屆中國出版政府獎和司法部優秀科研成果壹等獎。在著作權基礎理論領域，吳教授率先研究了著作權合理使用這壹“世界性難題”，其專著《著作權合理使用制度研究》入選首屆全國優秀博士學位論文獎。2022年，吳教授的專著《知識產權要義:制度創新與知識創新》(法律出版社，2017版)獲得第八屆錢端升法學研究成果獎壹等獎。