草菇所用的菌株與其他商業栽培的食用菌所用的菌株大不相同。草菇三級菌株的年齡直接影響草菇的產量和質量。無論是引進的還是分離的草菇菌株，都必須進行出菇實驗才能用於生產。草菇菌株顏色淺，細長稀疏。壹旦瓶(袋)滿，應盡快使用，使用年限不得超過25天。通常在草菇表面或瓶壁上可以看到深紅色的厚垣孢子。厚垣孢子的數量並不直接意味著農藝性狀的好壞，而是草菇菌株的特性，不同菌株之間差異很大。但從經驗來看，厚垣孢子多為小顆粒種，適合在原料基地培養進行罐藏加工；反而是大種，適合原料基地的鮮蘑栽培。如果草菇菌絲生長稀疏，變黃，出水，厚垣孢子多，形成團塊，往往說明菌絲培養不好，不宜用於栽培。
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