按照相關法律和程序，新農村住房的代理建設是合法的。根據《中華人民共和國民法典》的規定，委托代建合同是指委托人與受托人約定由受托人完成代建的合同。委托建設合同應當包括委托事項的名稱、委托範圍、報酬、履行方式、履行期限、違約責任等基本信息。
另外，在農村建房，要遵守土地管理法及其實施條例，以及地方政府規章在這方面的實施辦法和細則。如果違反相關法律法規，可能會面臨處罰。因此，新農村住房代理建設是否合法取決於是否符合相關法律法規和程序。
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