2.伊犁將軍也有其歷史局限性，主要表現在:“治軍官多，治民官少。”(《文佐相公全集·稿卷九》)強調軍事統治，行政管理體制缺乏統壹性。在壹些地區，清政府任命的官員缺乏與少數民族的溝通，阻礙了政府法令的發布。結果到了清末，隨著清朝統治階級的腐敗，新疆的問題日益嚴重。