1.醫療事故鑒定的機構是醫學會，適用《醫療事故處理條例》。只有醫療機構所在的區級醫學會可以進行鑒定；醫療損害鑒定機構是依法設立的司法鑒定機構。只要有法醫臨床鑒定資質，就可以委托，不受地域限制。
2.適用法律不同:醫療事故鑒定的適用法律是《醫療事故處理條例》，司法鑒定的適用法律是《侵權責任法》和《全國人大關於司法鑒定的意見》。
3.賠償標準不同，因為適用的法律不同，所以賠償標準也不同。比如《醫療事故處理條例》中沒有死亡賠償金，但《侵權責任法》中有這種賠償金。此外，殘疾賠償金的計算方法也不同，精神損害賠償金的計算方法也不同。