當事人簽訂的小產權房協議是否有效，要看具體情況。簽訂協議是民事法律行為。簽署協議的當事人具有民事行為能力。該協議是雙方自願簽訂的，協議內容不違反法律的強制性規定和公序良俗，因此具有法律效力。但是，小產權房不受法律保護。雖然協議有效，但不能阻止城鄉規劃部門強拆房屋。
法律客觀性:
民事法律行為符合下列條件的，民法典第壹百四十三條有效: (壹)行為人具有相應的民事行為能力；(2)意思表示真實；(三)不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。《民法典》第146條:行為人與相對人出於虛假意思實施的民事法律行為無效。以虛假意思表示隱匿的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。