應急物流系統的結構包括控制層、決策層、數據層和環境層，其結構如圖所示。
應急物流是指以時間效率最大化、災害損失和不利影響最小化為目標，通過現代信息和管理技術，整合采購、運輸、儲存、裝卸、搬運、包裝、配送加工、配送、信息處理等各種功能活動，對各種突發公共事件所需的應急物資從起點到終點進行高效計劃、組織、實施和控制的過程。應急物流系統是由相關人員、技術裝備、應急物資、信息管理、軟硬件基礎設施、相關主體、法律法規、政策等因素構成的特殊物流系統。