總投資5000萬元的項目可申請發行專項債券。根據《中華人民共和國專項債券條例》，專項債券的發行主體為中央政府或地方政府，用於支持國家重大經濟建設項目的建設和維護。
專項債券的使用範圍包括基礎設施建設、公共服務設施建設、生態環境保護和改善、扶貧、民生工程等領域。