存單質押被法院凍結是合理的。
法律依據:最高人民法院、中國人民銀行《關於規範人民法院執行和金融機構協助執行工作的通知》。九。人民法院可以依法對銀行承兌匯票保證金采取凍結措施，但不得扣劃。金融機構已經承兌匯票或者對外支付的，人民法院應當根據金融機構的申請，解除對銀行承兌匯票保證金相應部分的凍結措施。銀行承兌匯票保證金喪失保證金功能時，人民法院可以依法采取扣劃措施。