1.關系不同:建設單位作為投資方，是項目的實際所有者，基於其特殊地位享有項目的所有權。代理單位只是受建設單位委托行使工程的管理職能，其持有的是房屋的產權證。
2.法律類別不同:雖然建設單位在整個工程建設過程中起主導作用，但這種主導作用要通過相應的民事法律關系表現出來，如簽訂施工合同、辦理施工許可證等。代理人既不是建設單位，也不是施工單位，只是在施工活動中充當管家，對工程的質量安全、進度成本、文明施工進行協調管理，不屬於民事法律範疇。