單位犯罪違法所得的處理方式是:如果涉及單位犯罪留下的違法所得，壹般會予以追繳或認領上繳國庫。總之，在這種情況下，其獲得的所有非法收入都不是其自己的。對於單位犯罪，人民法院需要實行雙罰制。需要追究單位負責人的刑事責任，並對單位處以罰款。
法律依據
刑法第64條
對犯罪分子非法取得的全部財產予以追繳或者責令退賠；對被害人的合法財產應當及時返還；用於犯罪的違禁品和個人物品應當予以沒收。沒收的財物和罰款上繳國庫，不得挪用或者自行處理。
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