如果與公司協商不成，員工可以向當地勞動仲裁委員會申請勞動仲裁。申請勞動仲裁時，需要提供相關證據證明自己的主張和公司的違法行為，如工資單、考勤記錄、交通費等。勞動仲裁委員會將對申請進行調查並做出裁決。如果公司違法，員工可以獲得相應的賠償。
總之，如果公司搬遷導致員工支付額外費用或增加通勤時間，員工應及時采取措施維護自身合法權益。與公司協商不成後，員工可向勞動仲裁委員會申請勞動仲裁或尋求法律援助。