扣除工程質量保證金的程序為:主要有扣留(即發包人支付工程進度款時按比例逐壹扣留)和壹次性扣留(即發包人在工程竣工結算時壹次性扣留質量保證金)兩種。
法律客觀性:
建設工程質量保證金管理辦法
第五條
實行銀行保函制度，承包人可以用銀行保函代替預留保證金。
建設工程質量保證金管理辦法
第六條
工程竣工前已支付履約保證金的，發包人不得同時預留工程質量保證金。
采用工程質量保證金、工程質量保險等其他擔保方式的，發包人不預留任何保證金。
建設工程質量保證金管理辦法
第七條
發包人應按合同約定的方式預留保證金，預留保證金的總比例不高於工程價款結算總額的5%。合同約定承包人以銀行保函代替預留保證金的，保函金額不高於工程價款結算總額的5%。