如果公司能說明不是扣發工資，而是依法計算工資減少只是因為雙方約定的考勤和獎金，上述機構不予處理。這種情況下，如果妳認為公司確實貪汙，可以提起勞動仲裁。
法律依據:
中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法
第五條發生勞動爭議，當事人不願協商、協商不成或者達成和解協議後不履行的，可以向調解組織申請調解；不願調解、調解不成或者達成調解協議後不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁；對仲裁裁決不服的，除本法另有規定外，可以向人民法院提起訴訟。