公司通過職代會對員工進行薪酬改革是合法的。根據《勞動合同法》的規定，員工的勞動報酬、工資福利、規章制度需要經過職工代表大會或者職工大會通過才能生效。
薪酬改革是指相關組織根據內部因素或社會發展而做出的改變。主要分為企事業單位薪酬改革和企業薪酬改革。