停職只針對現任領導職務，其公職仍保留。開除是指開除公職，也就是不能當領導，甚至不能當普通員工。這就是區別。很多領導都被停職了，用不了多久就能換個位置重新當領導了。原因是他們仍然保留公職。如果直接開除，以後當領導就沒希望了。
法律依據
《中華人民共和國公務員法》第八十八條有下列情形之壹的，予以辭退:
(壹)年度考核中，連續兩年被確定為不稱職的；
(二)不能勝任當前工作，又不接受其他安排的；
(三)因本機關人員編制調整、撤銷、合並或者減少，工作需要調整，本人拒絕合理安排的；
(四)不履行公務員義務，不遵守公務員法律和紀律，經教育仍不改，不適合繼續在政府機關工作，被辭退的；
(五)曠工、出差，無正當理由連續超過十五天未歸，或者壹年內超過三十天的。