產權不壹樣。加盟是獨立主體之間的契約關系，各加盟店的資本相互獨立，與總部不存在資產紐帶；直營連鎖店歸同壹資本所有，每個連鎖店歸總部所有，直接經營，集中管理。
法律關系不同。特許經營鏈中特許人與受許人之間的關系是壹種契約關系。雙方通過訂立特許經營合同建立關系，通過合同明確各自的權利和義務。直營連鎖店總部與分店的關系由內部管理制度調整。
管理模式不同。特許經營鏈的核心是特許經營權的轉讓，特許人是轉讓方，受許人是接受方。特許經營體系是通過特許人和受許人簽訂特許經營合同而形成的。在直營連鎖經營中，總公司擁有各分店的所有權，有權決定分店經營中的壹切具體事宜。